Il sort diplômé de la faculté de cinéma et de TV de Prague (FAMU) avec un film inspiré de En attendant Godot (ekání na Godota, 1965), il se signale, après quelques courts métrages, à l'attention par l'Âge du Christ (Kristove roky, 1967), film d'un langage visuel très percutant et d'un esprit très libre (peinture des désillusions de deux frères au seuil de l'âge mûr). Mais ses caractéristiques proprement slovaques s'épanouissent dans Déserteurs et Nomades (Zbhovia a putnici, 1969), parabole assez frénétique sur la vie et la mort, où foisonnent d'étonnantes images baroques. Jakubisko poursuit dans la même veine esthétisante et allégorique avec les Oiseaux, les Orphelins et les Fous (Packové, sirotci a blázni, 1969), coproduction avec la France où paraît Philippe Avron et qui est encore une fable délirante marquée du sceau de la folie et de la mort et traitée en un style quasi surréaliste. Le goût du cinéaste pour l'excentricité thématique et plastique s'est encore manifesté dans Au revoir en enfer, les amis (Nashledanou v pekle, prvtelé, 1970) : un policier parodique qui a eu des difficultés avec la censure et ne sera distribué que vingt ans plus tard. Après la « normalisation » politique et artistique de la Tchécoslovaquie, Jakubisko doit se confiner dans le documentaire (la Construction du siècle Stavba storoia, 1973), le court métrage (le Petit Tambour Bubenik, 1977), jusqu'à son retour au long métrage avec une uvre mineure (Construis ta maison et plante un arbre Postav dom zasad strom, 1979) et une comédie légère : Infidélité à la slovaque (Nevera po slovensky, 1981). Avec l'Abeille millénaire (Tisí crona vela, 1983), Frau Holle (d'après un conte des frères Grimm, RFA, 1985), Je suis assis sur la branche et je me sens bien (Sedim na konári a je mi dobre, 1989), présentés avec succès au festival de Venise, Mieux vaut être riche et en bonne santé que pauvre et malade (Lepie byt' bohatý a zdravý ako chudobný a chorý, 1992) et Un message pas très clair sur la fin du monde (Nejasná zpravá o konci svta, 1997), il semble avoir retrouvé son inspiration. En 1985, il avait également tourné Frankensteins Tante.
