Comme ses compatriotes Tanner et Goretta, il a fait ses classes à la télévision suisse romande, où il réalise plusieurs dramatiques d'après des pièces d'O'Neill, Pinter, Vitrac ou directement écrites par lui. Son premier long métrage, la Lune avec les dents, date de 1966. Il sera tourné en 16 mm et en noir et blanc comme Haschisch (1968), la Pomme (1969), James ou pas (1970) et les Arpenteurs (1972). La soudaine renommée du cinéma suisse romand lui permet de tourner ses films en coproduction avec la France et dans des conditions moins artisanales (35 mm couleur). Ce seront tour à tour : l'Escapade (1974), Repérages (1977), l'Amour des femmes (1982), Adam et Ève (1983) et Signé Renart (1985). Les films de Soutter possèdent le charme ténu d'une sonate au bord du Léman. Émotions sensuelles et en demi-teintes, interrogations fugaces, pastel sous le scalpel. Tous font entendre une « petite musique » qui n'est pas sans parenté avec celle du cinéma tchèque d'avant 1968. Faite de déchirement léger, de tendresse, d'humour et d'incongruité, elle exprime sur le mode mineur le goût du bonheur et la cruauté de vivre. « J'aime la pudeur suisse de Michel Soutter, dit Jean-Louis Trintignant, qui a tourné plusieurs fois avec lui. Sa folie slave, son honnêteté et son ambiguïté. Il me fait penser à un gros chat qui observe la vie avec beaucoup de tendresse et une certaine cruauté. Son cinéma est avant tout ouvert à la vie. »
